Nasceu em Verdú, Catalunha, em 25 de junho de 1581, e não pertencia a família nobre. Fez noviciado em Tarragona, estudos filosóficos em Palma de Maiorca e iniciou os teológicos em Barcelona. Em Cartagena, foi ordenado sacerdote naquela missão onde, por 44 anos, trabalhou entre escravos afro-americanos. Educado na escola do missionário Alfonso de Sandoval, Pedro tornou-se servo dos negros. Todas as vezes que Pedro era avisado sobre a chegada de novos escravos, entrava no mar para levar-lhes comida e conforto. Curava as suas feridas, pedia esmola para comprar-lhes vestidos e matar a fome. Com essa proposta, Pedro de Claver batizou cerca de 400 mil negros. Em 1650, adoeceu com a peste: sobreviveu, mas pelo resto da vida não pôde mais trabalhar. Morreu em 8 de setembro de 1654.