No começo da Idade Média, a Igreja Católica recorreu à inquisição como mecanismo de consolidação do catolicismo em relação às diversas seitas e modelos cristãos divergentes que ameaçavam seu domínio e poder. O primeiro Tribunal do Santo Ofício acontece em 1183, em Languedoc, sul da França, para combater o sectarismo religioso dos cátaros de Albi. Em 1233, o papa Gregório IX, institui, definitivamente, o Tribunal do Santo Ofício.

A palavra inquisição vem do latim inquisitio que significa investigar, investigação ou inquérito. Heresia significa poder de escolha, opção e vem do grego haíresis. A Igreja considerava que o herege era um pecador que deveria ser salvo, daí veio a designação de Santa Inquisição.

Para universalizar e assegurar resultados na aplicação da “investigação” foram produzidas publicações/ensinamentos que nos permitem tem noção da crueldade praticada em nome da fé. O texto base foi a bula Ad Extirpanda do papa Inocêncio IV, de 1252. Outras obras foram bastante divulgadas e adotadas pelos inquisidores: “Manual dos Inquisidores”, de Nicholas Eymerich, em 1376; “Practica inquisitionis heretice pravitatis”, de Bernardo Gui, entre 1319 e 1323; “O Martelo das Bruxas”, de Heinrich Kramer, em 1486.

O Concílio de Viena, em 1311, institui o uso da tortura desde que seja aprovada pela comissão julgadora e o bispo diocesano.

Depois de anunciada na localidade pelo “Édito da Graça” a visita dos inquisidores, por trinta dias recebiam-se as autodeclaraçãos de culpa ou denúncias das heresias no qual o acusado devia provar sua inocência. Dependendo da gravidade da culpa, os autodeclarados não recebiam penas graves. Àqueles que não justificavam sua inocência podiam ter confiscados seus bens, e serem exilados, excomungados, usar vestes que revelavam a condição de condenado por determinado tempo (sambenitos), mutilados, presos, remar nas galés e, a mais famosa e cruel das penas, morrer na fogueira. Sobre a morte na fogueira, depois de julgado se o acusado confessasse culpa seria enforcado antes de queimar, mas, quem insistisse em declarar-se inocente seria queimado vivo.

Os “Autos de Fé” eram a cerimônia de punição dos condenados em praça pública. Por exemplo, na Plaza Mayor, em Madri (Espanha), realizavam-se os autos da inquisição.

A Santa Inquisição julgava os vivos e os mortos. Nos julgamentos póstumos desenterravam-se os cadáveres e, acaso condenados, eram queimados em fogueira tendo o confisco dos bens que haviam ficado com os herdeiros.

Quanto à punição, dividia-se no campo espiritual e secular. A condução dos julgamentos ficava a cargo da Igreja Católica. O exercício da punição, no campo espiritual era atribuição da Igreja, no campo secular era tarefa dos soberanos e suas forças de segurança. A Igreja Católica, assim, em teoria, mantinha as mãos limpas.

Desde o início, a inquisição funcionou como instrumento de controle e poder, também desejado e perseguido por soberanos que visavam castigar inimigos e confiscar seus bens. A consolidação da Espanha como país foi a partir do casamento de Fernando de Aragão e Isabel de Castela, para auxiliar a manutenção dos exércitos contra os mouros na reconquista espanhola foi arquitetado a diminuição dos poderes de determinadas famílias e confisco dos bens dos judeus que não se converteram ao catolicismo. A implantação da Inquisição Espanhola foi o instrumento de checagem da conversão e abusos junto àqueles que viraram cristãos-novos para tentar escapar à perseguição.

A bula Exigit Sincerae Devotionis do papa Sixto IV, de 1/11/1478, autoriza a criação da Inquisição Espanhola, sendo extinta, definitivamente, em 1834, pela rainha Maria Cristina das Duas Sicílias.

A inquisição vigora em Portugal de 1536 a 1821, onde, no princípio, foi negada pela Igreja Católica depois de verificar a bárbara e cruel aplicação na Espanha. Sob ameaça de ser criada uma inquisição régia e temendo perder o controle dos mecanismos de legitimidade da fé e do poder a Igreja Católica termina cedendo. Paralelamente, a Espanha incentiva a implantação da inquisição em Portugal para não vê-la beneficiada com a chegada dos judeus e mouros evadidos do território espanhol.

Portugal e Espanha ampliam a atuação da Santa Inquisição para suas colônias na América, África e Ásia. No Brasil, há registro de três visitações dos inquisidores da metrópole nas capitanias da Bahia, Pernambuco e Maranhão e Grão-Pará.

A Santa Inquisição foi bastante expressiva em Portugal, Espanha, França e Itália.

Outra estratégia de dominação da Santa Inquisição foi criada em 1559, tratava-se do Index Librorum Prohibitorum, ou seja, a proibição da publicação e circulação dos livros considerados perigosos ao pensamento católico. A simples posse de qualquer exemplar que estivesse no Índex significava heresia e motivo de julgamento na inquisição.

Em 1904, o Tribunal do Santo Ofício passa a se chamar Suprema Sagrada Congregação do Santo Ofício. A partir de 1965 transforma-se na Congregação para a Doutrina da Fé.

O papa João Paulo II, em 12/3/2000, dentro das comemorações do Grande Jubileu, pede perdão pelos pecados que a Igreja Católica cometeu ao longo dos séculos, incluindo as crueldades da Santa Inquisição.

Durante o papado conservador de João Paulo II, o cardeal Joseph Ratzinger (futuro papa Bento XVI), exercia a Prefeitura da Congregação para a Doutrina da Fé, impondo restrições e punições a quem pensava diferente dentro da Igreja Católica, como àqueles engajados na Teologia da Libertação. Por exemplo, os teólogos brasileiros Leonardo Boff e Ivone Gebara foram investigados e punidos com o “silêncio obsequioso”.