Após ser convocado para depor na Delegacia de Assuntos Internos (DAI), o oficial superior hierárquico na ação que vitimou Mizael Fernandes da Silva entrou na Justiça pedindo o declínio de competência do inquérito. O advogado do capitão entende que o caso deve ser investigado através de Inquérito Policial Militar (IPM), já instaurado e que tem à frente um tenente-coronel da Polícia Militar.
A Justiça ainda decidirá o caso, mas o Ministério Público Estadual (MPCE) já emitiu parecer contrário ao pedido. Conforme a tese do oficial, por advento da Lei nº 13.491/2017, crimes cometidos por militares no exercício de suas funções são de competência da Justiça Militar, "independente do crime estar previsto no Código Penal Militar, pois agora também se incluem os crimes tipificados no Código Penal Brasileiro".
Conforme ele, esse entendimento tem jurisprudência pacificada. "(O IPM deve) após concluído ser encaminhado para a Justiça Militar e, quando verificada a existência de crime militar doloso contra a vida de civil, enviado na sequência à Justiça Comum". O MPCE cita, porém, que a Constituição Federal ressalva que não compete à Justiça Militar estadual crimes contra a vida de civis.
A própria lei nº 13.491/2017 prevê que crimes dolosos contra a vida de civis cometidos por militares são competência do Tribunal do Júri, ressalta o MPCE. "Portanto, sendo de competência da Justiça Comum nada impede, mas pelo contrário, mostra-se coerente que a Delegacia de Assuntos Internos (...) continue as investigações, independentemente do regular curso do inquérito militar. Isso porque ambos são peças de informação que subsidiará ação penal posterior, na Justiça Comum".
O MPCE ainda cita decisão do Superior Tribunal de Justiça (STJ) que entende não haver ilegalidade na investigação da Polícia Civil de homicídios dolosos imputados a militares. O entendimento do MP é o mesmo da Defensoria Pública do Estado, que atua na assistência jurídica à família de Mizael. A Defensoria cita a súmula 90 do STJ que diz que "compete à Justiça Estadual Militar processar e julgar o policial militar pela prática do crime militar, e à Comum pela prática do crime comum simultâneo àquele".