O professor Gilmar Fernandes, que coordena a disciplina de neurologia da Universidade Federal de São Paulo (Unifesp), explica que a apneia acontece durante o sono porque a musculatura do corpo relaxa enquanto dormimos — inclusive na região da garganta. Para quem sofre da síndrome, esse distensionamento provoca o fechamento da passagem de ar na garganta antes de chegar à traqueia. Segundo o professor, o músculo que mais acaba fechando a passagem do ar é a língua.

O ronco acontece quando a passagem do ar não é impedida por completo e passa pela úvula causando vibrações nestas regiões. "Com o passar do tempo, o fechamento vai ser tão grande que o ar não passa e o indivíduo para de roncar," coloca Gilmar. Assim, é comum que as pessoas pensem erroneamente que, uma vez que o ronco para, o indivíduo estaria melhor.

Com a obstrução da passagem do ar, a quantidade de oxigênio do organismo tem uma redução. Ao mesmo tempo, o gás carbônico se acumula no corpo. Segundo Gilmar, "as consequências, pensando somente nessas duas coisas, são muitas."

Quando o organismo percebe essa irregularidade, ele desperta e respira, levando à entrada de uma grande quantidade de oxigênio. "Esse fenômeno chama-se hipóxia intermitente, e isso é deletério (prejudicial) para o corpo, isso leva à produção de radicais livres, que são moléculas que atacam as membranas das células do corpo," explica Fernandes.

Com a presença destes radicais livres, as células agredidas por eles produzem moléculas inflamatórias e estas inflamações prejudicam uma série de funções dentro do organismo. Além disso, a apneia do sono pode afetar células do sistema imunológico, aumentando a chance de infecções e de que células cancerígenas não sejam reconhecidas e degradadas.