Já no fim do século XX, o Ceará voltou a ter de enfrentar uma epidemia de cólera que, na época, teve grande incidência em todos os estado do Nordeste. No Estado, a doença atingiu mais de 300 habitantes a cada 100 mil nos anos de 1993 e 1994. Somente nos primeiros quinze dias de 1994, a Secretaria de Saúde de Fortaleza registrou 3.542 casos de cólera, caracterizando um surto. No mesmo período foram notificadas quatro mortes provocadas pela doença. Durante o mês, a Cidade chegou a registrar até 300 novos casos por dia.

Em 21 de fevereiro, o então governador, Ciro Gomes, decretou estado de emergência na Capital, que até então registrava mais de 10 mil casos, 81% do total do Ceará e 70% do total do País. O cólera teria atingido tamanha proporção porque a água servida pela Companhia de Água e Esgotos (Cagece) tinha sabor salgado e a população passou a beber água de poços e cacimbas.

Em março desse mesmo ano, detectou-se a introdução da dengue tipo 2 que ocasionou uma epidemia com dezenas de casos de febre hemorrágica da dengue em Fortaleza. Epidemias da doença já vinham ocorrendo no Estado desde o fim dos anos 1980, mas causadas pelo sorotipo 1. Em 1986, foram registrados 75 casos a cada 100 mil habitantes; no ano seguinte, a incidência quintuplicou e chegou 375,4 casos/ 100 mil hab. Uma segunda onda foi registrada no biênio 1990/91, afetando 249 em cada 100 mil cearenses.