Mesmo já com sinais de fragilidade por conta da saúde, a última participação de Zagallo na seleção brasileira foi na Copa de 2006, na Alemanha, quando atuou como coordenador técnico.

Ele esteve internado desde 26 de dezembro no hospital Barra D'Or, no Rio de Janeiro.

Entre agosto e setembro últimos, já havia sido internado por cerca de 20 dias, também no Rio, devido a uma infecção urinária.

Após a morte de Pelé, em dezembro de 2022, foi hospitalizado durante duas semanas por uma infecção respiratória.

Em 2005, Zagallo fez uma cirurgia no duodeno que o fez perder 14 kg.

Apesar disso, no ano seguinte se envolveu diretamente com o trabalho do time Canarinho.

Participou de toda a preparação da equipe brasileira ao lado do técnico Carlos Alberto Parreira, a mesma dobradinha do tetra de 1994 - que já havia acontecido em 1970, com Zagallo técnico e Parreira como um dos preparadores físicos.

Em 2011, foi operado de uma hérnia inguinal. Com a idade, as comorbidades foram avançando.

A saúde foi seu principal marcador nestes últimos anos de vida, mesmo assim Zagallo conseguiu driblar várias vezes os problemas e seguir até onde foi possível.