O reconhecimento da independência no Ceará, em vez de aplacar o ímpeto dos opositores, agravou ainda mais a disputa pelo poder. Decidido a derrubar o governo, Pereira Filgueiras arregimentou homens e armas em meados de dezembro de 1822 para atacar a Capital e expulsar Porbém.
Temendo pela própria vida, o presidente da junta renunciou em janeiro de 1823. Quando Filgueiras e as tropas chegaram a Fortaleza, no dia 23 daquele mês, Porbém já havia deixado a vila. Filgueiras assumiu o comando do governo de forma provisória e convocou eleições dentro de dois meses.
Em 23 de março, uma nova junta governativa foi eleita, sob a presidência do padre Francisco Pinheiro Landim, aliado de Filgueiras. Este, por sua vez, assumiu a função de comandante de armas da província.
Internamente, no entanto, a alternância de poder não assegurou ambiente pacífico. De acordo com o historiador Licinio Nunes, o grupo de Filgueiras impôs um regime autoritário que agia de modo implacável contra opositores. "Havia violência política. Pessoas eram surradas nas ruas, presas de forma arbitrária ou eram expulsas do Ceará", afirma.
"Ele [Filgueiras] não tinha espírito democrático, estava preocupado apenas em se manter no poder", acrescenta. Nunes avalia que a luta pela independência não passou de pretexto para a tomada do poder à força pelo militar e suas tropas. O historiador, inclusive, discorda que a junta provisória tenha sinalizado posição de neutralidade após a proclamação oficial da emancipação.
"Logo que o Ceará soube que dom Pedro tinha sido aclamado imperador, imediatamente fez a mesma coisa em Fortaleza. Ou seja, não houve resistência à ideia de independência, esse lapso de mais de dois meses ocorreu devido à demora na comunicação", comentou.
De acordo com Nunes, a primeira demonstração de apoio à autonomia nacional ocorreu com o envio de tropas cearenses ao Piauí para a Batalha do Jenipapo, como ficou conhecido o combate entre grupos pró-independência e as tropas portugueses que resistiam à declaração de emancipação do Brasil, em 13 de março de 1823. "Foi o governo da junta provisória que mandou o primeiro contingente de tropas", destaca.
Ao assumir o poder, Pereira Filgueiras também foi com tropas em direção ao Piauí. Grupos do Maranhão também se juntaram à luta. Os portugueses saíram vitoriosos, mas bateram em retirada e seguiram para a cidade de Caxias (MA), onde foram rendidas pelo grupo liderado por Filgueiras e terminaram sendo expulsas definitivamente do território nacional.
A sucessão de acontecimentos, na avaliação de Licinio Nunes, evidencia o papel de destaque do Ceará para a consolidação do processo emancipatório do País. "Se não fosse pelo Ceará, a adesão das províncias do Norte do Brasil teria levado muito mais tempo. A guerra pela independência teria durado muito mais tempo".