Ao final do relatório, a CGU fez recomendações ao Ministério da Educação (MEC) e ao Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira (Inep).

Ao Inep, foi recomendado o aperfeiçoamento de controles internos do Censo Escolar, especialmente quanto às matrículas de alunos sem controle de frequência ou em situação de abandono na data da coleta. E ao MEC, que proponha a revisão das práticas de gestão escolar das redes de ensino, quanto ao controle de frequência dos alunos, a fim de mitigar eventuais novos desvios nas matrículas declaradas para o Censo Escolar".