No início de 2019, o Tribunal de Contas da União (TCU) apontou o Dnocs como um dos órgãos federais com maior risco de fraudes e corrupção no Brasil. A expectativa era de que, com a entrada do governo Bolsonaro, uma reestruturação fosse efetivada. Contudo, o clima ainda é de muitas incertezas. O futuro é uma grande incógnita.
Em quase dois anos do governo Bolsonaro, o Dnocs foi alvo de constantes trocas e exonerações. Em maio, o engenheiro cearense Rosilônio Magalhães foi demitido da direção-geral. Agrônomo, era uma indicação do deputado Genecias Noronha (SD).
Apenas em 2019, o órgão teve dois diretores-gerais. Antes de Magalhães, a direção era de Ângelo Guerra, próximo do MDB. Também cearense, Guerra havia assumido o Dnocs em agosto de 2016. O atual diretor-geral, Fernando Marcondes de Araújo Leão, foi indicado por Sebastião Oliveira (PL-PE), alvo, em maio, de uma operação da Polícia Federal (PF)
Para o deputado federal José Guimarães (PT), a instabilidade nos cargos do Dnocs simboliza o sucateamento da instituição. "O governo, lamentavelmente, está destruindo o que ainda resta dos entes públicos pertencentes à estrutura de Estado, como o Dnocs. O órgão é responsável por um grande legado de manutenção das obras hídricas do Nordeste, especialmente na questão da manutenção dos mananciais e dos açudes públicos. Ele vai morrer na inanição por irresponsabilidade, quando, ao contrário, deveria estar sendo recuperado", disse.
Em 2019, atendendo a uma solicitação da Comissão de Desenvolvimento Regional, a Assembleia Legislativa do Ceará (AL-CE) realizou uma audiência pública com o objetivo de discutir a revitalização do órgão. A audiência contou com a participação de deputados federais, entre eles, Roberto Pessoa - licenciado atualmente para cuidar da candidatura à prefeitura de Maracanaú -, coordenador da Frente em Defesa dos Órgãos Nordestinos. Na ocasião, o parlamentar propôs um concurso público, imediatamente. "Sem isso, o órgão vai morrer. O Dnocs tem a maior engenharia de construção de barragens e de criação de peixes do mundo".
O deputado tucano defende a necessidade de preservação do órgão e diz que o Dnocs deve estar à frente da administração da transposição. Segundo sugere, recursos das privatizações anunciadas da Chesf, Infraero e dos Correios devem ser transferidos para o Dnocs. "Queremos o Dnocs vivo e ativo, esquecer o passado e trabalhar pra frente" disse.